經歷了1998年的特大水災后，國家實施了積極的財政政策，大幅增加了對黃河防洪工程基本建設的投資，其投資接近建國1997年50多年來黃河基本建設投資的總和。黃河防洪工程的建設管理和工程質量備受矚目。為了確保黃河防洪專項資金的投資效益，黃河打破了過去長期規劃經濟體制下形成的集修、防、建、管于一體的自營式建設管理體制，初步實現了適應市場經濟要求的新體制的根本轉變，基本上達到了防洪工程建設三個體制改革對管理體制的要求。
為貫徹落實三項制度改革，黃委會制定了一系列配套的規章制度和管理辦法。這些規章制度、方法的實施，對黃河下游防洪工程建設起到了積極推進作用，建設單位、監理單位、施工單位的責任、義務、權益更加明確，保證了工程項目建設規范有序進行，提高了建設管理水平，節約了工程建設投資。在工程建設過程中，各級管理部門始終以工程質量為工程建設管理重點，逐步建立工程質量目標責任制、質量一票否決制和質量終身制，明確了質量目標、責任、權利和獎懲措施。通過黃委會督室對黃河防洪工程建設進行現場監督和工程質量飛行檢查，省局質量監督站質量監督員對工程施工質量進行跟蹤監督檢查，加強工程各參加者質量意識，促進工程施工質量保證體系建設和運行，推進防洪工程建設質量管理，確保工程質量。
但由于外部環境條件的影響和自身因素的制約，目前黃河下游防洪工程在建設管理中仍存在弱點，需要進一步加強。
2.工程建設管理存在的問題
2.1舊管理體制的影響
從過去黃河工程建設到現在工程建設的三制管理，實現了建設部門和施工部門的分離，但在個別項目中，建設部門和承包商在合同關系的背后，同時也是上下關系。這種關系在工程建設中的慣性自然導致建設單位對承包商行使直接領導權，越過監理方直接向承包商發出指示和命令，建設單位對監理工程師的許可不足。這在很大程度上削弱了監理單位在工程建設中的作用，使項目建設各方關系復雜，另一方面，在長期規劃體制下形成的上級主管部門與建設部門的領導關系也不可避免地影響項目法人責任制的執行。主管機關組織招標選擇監理隊伍和施工隊伍，為建設機關轉嫁管理責任創造條件。同時，上級主管部門命令的工期命令也給建設部門施工項目的建設管理帶來了困難。
2.2工程建設前期工作準備時間短，難度大
黃河防洪工程項目安排受國家投資計劃制約非常大，同時工程項目實施受黃河防洪影響。這種客觀現實造成項目計劃未安排前，工程項目的遷占賠償等前期工作不敢開展，而工程項目計劃一旦安排，施工必須馬上進行，這就導致工程建設前期工作準備時間非常短，缺乏合理的遷占賠償及為工程建設創造良好的外部環境所必須的工作時間，使工程項目實施前的準備工作非常不充分。另外，由于目前黃河下游防洪工程實施的賠償標準低，特別是對新土地管理法規定的建設補償費的繳納，沒有預算投資，沒有明確的減免政策，土地征用后，當地政府不減免農民的上繳糧食、保留等費用，農業稅等一些項目甚至因占用賠償問題延長工期，影響工程投資利益的發揮。
2.3個人對三個制度改革認識不足
個人思想觀念滯后，對三個制度改革認識不足，工作中有抵觸感，無法正確處理建設管理體制改革與本部門的經濟利益關系，無法真正把工程建設質量放在第一位。這不可避免地導致建設管理工作考慮不周、措施不具體、檢查不及時、各規章制度和方法執行不足，三個制度的執行不完全到位。
2.4基礎工程建設管理者業務理論水平應提高
近年來，國家有關部委和黃委為加強工程建設管理規范化，相繼提出了許多新方法和規定。另一方面，基層管理者的建設管理任務重，忙于日常工作，對一些規定和方法缺乏系統的學習和理解，多數是邊學習邊理解邊應用，真正全面理解和熟悉基本建設工作的人很少，業務理論水平需要提高。
2.5工程技術人員嚴重不足
目前，黃河防洪工程建設中工程技術人員數量不足，工作人員工作負擔重，工作過載現象普遍存在。
2.6部分監理人員自身素質和工程技術水平不高
中國建設監理體制建設時間不長，發展中的水利工程監理隊伍對工程建設需求嚴重不足。監理工程師應具備工程技術、經濟、法律、管理知識，該團隊培養成長需要一個過程。此外，個別監理人員對監理工作認識不足，目前防洪工程建設中具備監理工程師資格的人員相對不足，部分監理人員自身素質和工程技術水平低的客觀現實。